Průjmy dělíme na infekční a neinfekční.

Příčinou neinfekčního průjmu může být např. dietní chyba, alergie, otrava způsobená toxiny nebo těžkými kovy obsaženými v potravinách.

Příčinou infekčního průjmu v našich podmínkách jsou především bakterie rodu Salmonella a viry ze skupiny enterovirů. Méně častou příčinou mohou být také choroboplodné zárodky způsobující onemocnění virovou žloutenkou, leptospirózou, malárií, zápalem plic a meningokovou infekcí typu C.

Další příčinou vyvolávající průjem může být užívání antibiotik. Vlivem léčby antibiotiky může docházet ke změně složení a rovnováhy přirozené střevní mikroflóry, která vedou k poničení některých druhů bakterií. Naopak jiné druhy bakterií přítomných ve střevě mohou přerůstat a vyvolat různá onemocnění střeva. Rozhodující je nejenom typ antibiotika, které pacient užívá, ale i aktuální zdravotní stav nemocného. Obvykle však tato komplikace není důvodem k ukončení antibiotické léčby. Odborníci doporučují při další léčbě zvolit jiný druh antibiotika.

Střevní infekce projevující se průjmem se vyskytují během celého roku. Pro letní období je typický vzestup počtu onemocnění, která mohou dosahovat až epidemického výskytu.

Průjmy se mohou objevit u osob, které cestují do rozvojových zemí tropů a subtropů – tam je riziko nákazy vysoké. Možnost onemocnění samozřejmě závisí na formě stravování a ročním období. Zdrojem infekce se může stát pití kontaminované vody, konzumace nedostatečně omyté zeleniny a ovoce, které se nedá loupat či je omyté kontaminovanou vodou, konzumace mléčných výrobků nebo nedostatečně tepelně zpracovaného masa, ryb a plodů moře.