Zástupce střevní mikroflóry je možno rozdělit na mikroorganismy s negativním vlivem, které mohou způsobit např. průjem, zácpu, různé infekce nebo hnilobný rozklad ve střevě.

Další skupinu tvoří mikroorganismy s jednoznačně pozitivním působením na lidský organismus. Ty dokáží blokovat působení škodlivých mikroorganismů, a to zastavit růst škodlivých bakterií, podporovat imunitní systém, snižovat hladinu cholesterolu v lidském organismu a podporovat tvorbu vitamínů.

Tělu prospěšné (probiotické) bakterie působí v následujících 4 základních funkcích:

  • Protimikrobiální působení v trávicím traktu svým růstem a spotřebou živin, které vytlačí nepřátelské mikroorganismy.
  • Podpora a posílení bariérové funkce střevní sliznice.
  • Pozitivní vliv na obranyschopnost lidského těla (imunitní systém).
  • Účinky na látkovou výměnu (metabolismus) vlivem různých látek, působků a vitamínů potřebných pro činnost lidského těla.

Dále jsou ve střevě mikroorganismy, které mohou mít jak pozitivní, tak i negativní vliv. Složení střevní mikroflóry se mění během života člověka, záleží na způsobu porodu, na věku člověka, na složení konzumované stravy, na prodělaných onemocněních a také na množství a druhu užívaných léků.

Během života může dojít k poruše rovnováhy mikroorganismů v důsledku vrozených nebo získaných změn, což může způsobit např. chorobné změny střeva.